Análise Insilico da Atracagem entre o HIV-1 PR e derivados de CUI

As proteases HIV-1 (PR) são uma enzima que clivam a poliproteína longa do HIV em pequeno fragmento de peptídeo funcional. Estes pequenos fragmentos terminam novamente em HIV maduro. A inibição da clivagem da poliproteína em pequenos fragmentos de peptídeo poderia impedir a regeneração do VIH. O acoplamento computacional entre o HIV-1 PR e os derivados de inibidores cíclicos de ureia (ICUIs) deu-nos uma pista para conceber um medicamento contra a SIDA. Abordagens computacionais foram utilizadas para acoplar ligandos (CUIs) com o HIV-1 PR para parar a clivagem. As IUU são estruturas em anel de sete membros de composto cíclico de ureia. Incorpora os equivalentes de ligação a hidrogénio de uma molécula de água ligada a uma enzima num peso molecular baixo. O nosso resultado sugere que alguns dos derivados das IUU ligam-se com o HIV-1 PR, o que pode parar a fução do HIV-1 PR (clivagem de cadeia longa de proteínas em pequeno fragmento de peptídeo). Isto pode ser chamado o melhor ajuste do ligando à bolsa da enzima. Os três factores seguintes estão principalmente envolvidos para influenciar a conformação de ligação entre o ligante e uma proteína: energia de ligação, ligação de hidrogénio, e interacção hidrofóbica.